答：甲流病毒感染和扁桃体化脓两天后仍在发烧可能是因为感染没有得到控制，也可能是出现了并发症。

1. 感染没有得到控制：甲流病毒感染和扁桃体化脓两天后发烧可能是感染还没有得到控制，感染的情况仍在持续。此时，需要继续接受抗感染治疗，直到感染得到控制，体温恢复正常。

2. 出现并发症：甲流病毒感染和扁桃体化脓可能会导致一些并发症，如肺炎、急性呼吸窘迫综合症等。这些并发症可能会导致持续发烧，需要及时就医治疗。

无论是哪种情况，如果甲流病毒感染和扁桃体化脓两天后仍在发烧，建议及时就医，明确发烧原因，并在医生的指导下进行治疗。

*重要提示：科普内容不能作为疾病治疗依据，如有不适请前往正规医院就诊。