答：肩部钙化手术后两个月仍疼痛可能与恢复过程中的正常反应、感染、创伤性关节炎等原因有关。

1. 正常反应：肩部钙化手术会引起局部组织损伤，术后可能会出现肩部疼痛，尤其是在活动时。这种疼痛通常会随着时间的推移逐渐减轻，但在术后两个月时可能仍会存在。

2. 感染：术后感染是一种少见但严重的并发症。如果术后出现感染，可能会导致肩部持续疼痛、红肿、发热等症状。

3. 创伤性关节炎：肩部钙化手术可能会导致肩关节表面受损，引发创伤性关节炎。这会导致肩关节僵硬、疼痛和活动受限。

4. 其他原因：术后康复过程中的不适当锻炼、心理因素等也可能导致肩部疼痛持续存在。

如果肩部钙化手术后两个月仍感到疼痛，建议及时就医，明确原因，遵医嘱进行治疗。

*重要提示：科普内容不能作为疾病治疗依据，如有不适请前往正规医院就诊。