（1）易于精确控制。离子束可以通过离子光学系统进行聚焦扫描，共聚焦光斑可达1um以内，因而可以精确控制尺寸范围。由于离子束流密度及离子的能量可以精确控制，在溅射加工时，可以将其表面原子逐个剥离，从而加工出极为光整地表面，实现微精加工。而在注入加工时，能精确的控制离子注入的深度和浓度。
（2）加工时产生污染少。加工在较高真空中进行，特别适合于易氧化的金属，合金及半导体材料。
（3）应力小，变形极小，对材料适应性强。离子束加工是一个原子级或分子级的微细加工，其宏观力很小，故对脆性材料，半导体材料，高分子材料都可以加工，而且表面质量好。