（1）湿地生态补水：考虑到目前许多重要湿地面临的最大威胁是缺水，没有水也就不能成其为湿地.因此，对这部分湿地实施生态补水是最有效的保护措施.
（2）湿地污染控制：湿地面临的另一个最大威胁是生产，生活产生的废水，污水污染，如何控制污水排放与减缓富营养化过程是湿地保护的重要内容之一.
（3）湿地生态恢复和综合整治工程：对列入国际和国家重要湿地名录，以及位于自然保护区内的自然湿地，已被开垦占用或其他方式改变用途的，规划采取各种补救措施，努力恢复湿地的自然特性和生态特征.

生态工程所遵循的基本原理有物质循环再生原理、协调与平衡原理、整体性原理、系统学和工程学原理、物种多样性原理等。