酶活性的变构调节：变构酶活化型与钝化型之间的转换是通过酶的空间构象改变来实现的，这种改变是酶与小分子效应物相互作用的结果。变构酶两种状态之间的转换，并没有涉及共价键的形成或断开。
酶活性的共价修饰调节：有些酶的活化型和钝化型的差别在于有无与酶蛋白共价连接的化学物质。活化型与钝化型之间的转换是共价键的形成或断开的结果，它是由酶催化的。
两者的相互关系：酶活性的共价修饰调节的机理同酶活性的变构调节并不矛盾。实际上，催化共价修饰作用的酶本身也受变构调节控制。因此，酶活性的共价修饰调节是变构调节的表现形式。