测温部位应选择能代表中心温度的部位，通常选用鼻咽、鼓膜、肺动脉、直肠等处；皮肤温度比中心温度低，且它们之间的温差变异大，难以预测，麻醉时不宜选用；前额、颈部皮肤温度与中心温度相关性小；口腔、腋窝温度虽近似中心温度，但麻醉期间少用。
鼻咽温度可反映脑部的温度，临床上常用，但鼻咽温度可受气管及其周围气流的影响。吸入冷而干燥的气体，鼻咽温度可降低；相反，吸入加热雾化气体，鼻咽温度可升高，必须注意。食管温度与心脏及血液温度接近，由于较冷空气进入气管与支气管，在食管上中段温差较大，测温探头应插至食管远端1/3处，体外循环期间血流降温与复温期间食管温度变化快，与其他部位温差大，应与其他部位（鼓膜、直肠）温度进行比较。鼓膜温度与脑温相关良好，是测定体温较好的部位，测定鼓膜温度需特制探头，插入外耳道时动作要轻柔、避免鼓膜损伤。
全身麻醉诱导后即刻的中心温度的改变受很多因素的影响，因此在麻醉最初的30分钟内体温监测意义不大，故手术时间短于30分钟可不进行体温监测。一般手术病人气管内插管以食管远端或直肠测温较适宜，体外循环心内直视手术的病人则需多处连续监测体温的变化。