用水户协会承担了过去由乡镇政府和村委会承担的基层灌溉管理事务，政府不再干预协会日常事务，但并不是说基层政府退出了灌溉管理工作，用水户协会还需要各级政府的政策支持、技术指导、监督以及经济上的援助，必要时还需要政府出面协调各方面关系，特别在协会发展初期，农民用水户对于如何组建和运行协会还不太了解，更需要政府的扶持和帮助。
用水户协会在基层灌溉管理上越来越显示出灵活性。为了支持协会工作，国家有关部门已出台了一些支持用水户协会的政策，如2003年民政部《关于加强农村专业经济协会培育发展和登记管理工作的指导意见》、2002年国务院办公厅45号文转发的国务院体改办《关于水利工程管理体制改革实施意见》、2003年水利部《小型农村水利工程管理体制改革实施意见》等文件，为用水户协会的发展营造了良好的政策环境。