1、合成来源不同 生物农药的合成来源是生物活体及代谢产物或者基因表达的生物活性物质。而化学农药的合成来源则是有机化学合成。
2、作用机理不同 生物农药的作用机理为营养竞争；提高植物抗性；活性拮抗物质专一杀虫抑菌。化学农药则是以毒杀为主。
3、安全性不同 生物农药选择性强，对人、畜等生物较安全，对非靶标生物影响较小，毒性低或没有毒性；对生态环境污染影响较小。化学农药大量施用会导致残留量增加，严重污染环境；对病害虫杀伤力很大的同时也杀伤天敌生物，破坏生态平衡。
4、药效不同 生物农药具有明显的后效作用，且病虫害不易产生抗药性。化学农药防治谱广，且见效快，效果显著。但长期大量使用，抗药性病害虫大量增加。
5、经济性不同 生物农药原材料的来源广泛，生产成本比较低，开发新药的经费投入少，产品开发周期较短。化学农药工业化生产量大，且易于实现；国内外市场有较大的需求，经济效益显著。
总的来讲，无论生物农药或者化学农药，未来谁会占市场主流的关键在于能否合理的使用以及能否为种植户防治病虫草害等提供有效的解决。

农药残效期是指失去杀虫、杀菌效果，但仍含有这种物质，可能对人体造成危害。 农药有效期是指能明显杀虫或杀菌。