“实耗法”的管理方法和操作程序是：
（1）生产企业在开展进料加工复出口业务时，必须在取得外经贸主管部门审批、主管海关核发的《进料加工登记手册》后，一方面报主管税务机关进行备案。另一方面，出口企业根据《进料加工登记手册》上合同约定的出口总值和进口总值，计算确定计划分配率。
计划分配率＝计划进口总值/计划出口总值×100%  如计划分配率>；100%，则计划分配率＝100%
（2）生产企业货物出口并进行退税申报时，对同一《进料加工登记手册》项下的出口货物统一依据该手册的“计划分配率”计算确定出口货物应分摊的免税进口料件组成计税价格，并据此计算该笔出口货物免抵退税抵减计划额和进口料件不得抵扣税额抵减计划额，具体计算公式为：
当期免税进口料件组成计税价格＝当期出口货物离岸价×外汇人民币牌价×计划分配率 当期免抵退税抵减计划额＝当期免税进口料件组成计税价格×出口货物退税率
当期不得抵扣税额抵减计划额＝当期免税进口料件组成计税价格×（出口货物征税率-出口货物退税率）
生产企业在进行退税申报的同时，对属于进料加工贸易的出口货物，还应填报《生产企业进料加工贸易免税申请表》，经主管税务机关审核后，出具《生产企业进料加工贸易免税证明》。
（3）生产企业必须在《进料加工登记手册》核销前将该手册项下的所有进口料件按月或集中一次，根据《进口货物报关单》上内容，按规定逐笔填报《生产企业进料加工进口料件明细申报表》，报主管税务机关核实。
生产企业在《进料加工登记手册》核销的当月应如实反映免税进口料件的剩余边角余料金额、结转至其他手册料件金额、其他减少进口料件金额、结转至其他手册成品金额、剩余残次成品金额和其他减少出口成品金额，并按规定填报《生产企业进料加工登记手册核销申请表》，向其主管税务机关申报办理手册免税核销手续，经主管税务机关审核后，计算确定该手册的“实际分配率”，并对已出具《生产企业进料加工贸易免税证明》中的“免税进口料件组成计税价格”、“免抵退税抵减计划额”和“进口料件不得抵扣税额抵减计划额”进行调整，出具《生产企业进料加工贸易免税核销证明》。
实际分配率＝（实际申报进口总值-剩余边角余料金额-结转至其他手册料件金额-其他减少进口料件金额）/（直接申报出口发票总值+结转至其他手册成品金额+剩余残次成品金额+其他减少出口成品金额）×100%
实际进口总值包括原材料调拨、进料退货、进料转内销等用红字冲减的部分。
本手册应开证明的实际进口料件组成计税价格总值＝本手册审核通过出口总值×实际分配率
核销手册补开免抵退税的抵减额＝本手册应开证明的实际进口料件组成计税价格总值×退税率-本手册累计已开出的免抵退税抵减计划额
核销手册补开进料加工不得抵扣税额抵减额＝本手册应开证明的实际进口料件组成计税价格总值×（征税率-退税率）-本手册累计已开出的进料加工不得抵扣税额抵减计划额
（4）生产企业在取得主管税务机关出具的《生产企业进料加工贸易免税证明》和《生产企业进料加工贸易免税核销证明》的次月，根据证明上注明的“不得抵扣税额的抵减额”填报《生产企业进料加工抵扣明细申报表》，作为《增值税纳税申报表》的附表，报主管征税的税务机关，办理纳税申报手续。