1.划定问题范围：要明确问题性质，划定问题范围。
2.确定目标：确定出具体的目标。系统分析针对所提出的具体目标展开，而实现系统功能的目的，是靠多方面因素来保证的，因此系统目标也必然有若干个。如经营管理系统的目标就包括有：品种、产量、质量、成本、利润等，而每一项目标本身又可能有更小的目标集组成，比如利润就是一个综合性目标，要增加利润，就要扩大盈利产品的销售量和降低单位产品成本，而要增加销售量又要做好广告，组织网点、服务等工作，采取正确的销售策略等等。在多项目标情况下，要考虑各项目标的协调，建立目标体系，防止发生抵触或顾此失彼。在明确目标过程中，好要注意目标的整体性、可行性和经济性。
3.收集资料，提出方案：收集资料通常借助于调查、实验、观察、记录以及引用外国资料等方式。收集资料要注意可靠性，有时为了准确性，要付出艰辛的工作，不能图方便，不经考证，到处引用。
4.建立分析模型：即找出说明系统功能的主要因素及其相互关系，系统输入、输出、转换关系、系统的目标和约束等。
5.分析替代方案的效果：利用已建立的各种模型对替代方案可能产生的结果进行计算和测定，考察各种指标达到的程度。
6.通过系统仿真等技术，鉴定方案的可行性，以避免实际执行时可能出现的困难。
7.综合与评价：在上述分析的基础上，再考虑各种无法量化的定性因素，对比系统目标达到的程度，用标准来衡量，这就是综合与评价。评价结果，应列出各方案的优先顺序，推荐一个或几个可行方案，供决策者参考。
上述步骤，只是一般的程序，根据具体情况，有些步骤可以并行进行，或改变顺序。