钩体病的潜伏期为2~20日，一般为7~13日，平均为10日。钩体病的临床特点有高热、全身酸痛、乏力、球结膜充血、淋巴结肿大和明显的排肠肌疼痛。重者可并发肺出血、黄疸、脑膜脑炎
和肾功能衰竭等。病程可分为三个阶段。
（1）早期。起病后日左右出现畏寒发热、肌肉酸痛、全身乏力、眼结膜充血、肠肌压痛、淋巴结肿大等早期症状。
（2）中期。该期根据不同临床表现可分为四型：
①流感伤寒型：流行期本型多见，多数病例仅有早期症状，较重病例有高热、中枢神经系统、消化道症状、出血倾向等，可出现休克、呼吸、心跳骤停等险象。
②肺大出血型：是无黄疸钩体病患者常见的死亡原因。在先兆期出现呼吸、心率进行性增快，肺部有散在并逐渐增多的干啰音或湿啰音，如不进行及时有效地治疗，可在短期内进入极端期，患者脸色极度苍白或青灰，咯血，X线可见双肺广泛点片状阴影或大片状阴影融合。进入垂危期，病人神志模糊，转入昏迷，呼吸不规则，口鼻大量涌血，心跳减慢至停止。
③黄疸出血型：病后4~8日出现黄疸，10日左右达高峰，肝脏肿大并有触痛，有出血、肾损害症状。急性肾功能不全是本型常见的死因。
④脑膜脑炎型：病人有严重头痛、烦躁、嗜睡、瘫痪等脑炎症状，重症者出现昏迷、抽搐、急性脑水肿、脑疝及呼吸衰竭等症状，脑脊液分离钩体阳性率较高。
（3）恢复期。多数患者可恢复，少数人可出现发热、眼后发症和闭塞性脑动脉炎。
一般将发生于病程早中期的症状称为败血症或并发症，而将中毒症状消退后又起的症状称为后发症。