①原核细胞没有典型的细胞核，其遗传物质分散在细胞质中，且通常集中在某一区域，但两者之间无膜分隔；真核细胞有典型的细胞核结构，包含的遗传信息量大，有膜分隔。
②原核细胞遗传信息的载体仅为一环状DNA，DNA不与或少与蛋白质结合；真核细胞DNA主要集中在由细胞膜包被的细胞核中。
③原核细胞没有分化出以膜为基础的具有特定结构和功能的细胞器，原核细胞通常体积很小，直径为0.2~10μm不等；真核细胞分化出以膜包被的细胞器，代谢活动如光合作用、呼吸作用、蛋白质合成等分别在不同的细胞其中进行，或由几种细胞器协调完成。细胞中各有分工，有利于各种代谢活动的进行。