甲肝的平均潜伏期为30天，常见潜伏期为15~50天。其传染源主要是急性期病人和亚临床感染者。黑猩猩和狨猴在自然条件下虽可感染HAV，但作为传染源的意义不大。至今尚无充分的证据证明甲肝有慢性病原携带者。
急性期病人包括急性黄疸型、急性无黄疸型和重症肝炎。急性黄疸型病人在潜伏期末、临床症状初期及黄疸出现后最初的1~2天为排毒高峰，是重要的传染源，特别是在其传染性最强的黄疸前期一般不易确诊，因而未被隔离。当病人出现黄疸时，已基本摆脱了传染状态。急性无黄疸型病人的数量要比黄疸型多许多倍，约占病例总数的50%~90%，尤以儿童为多，可达90%由于缺乏典型的症状，常被误诊，使得此类患者极易与周围的人接触，从而增加传播机会，其作为传染源的意义更大。重型肝炎病人症状典型，易于早期诊断、早期隔离、早期治疗，故作为传染源的意义较小。亚临床感染者无临床症状，亦无肝功能损害，不仅可以作为暴发流行的传染源，而且在散发病例的传播中也起着重要作用。