华生采用了巴甫洛夫的条件反射法，但与巴甫洛夫的基本理论观点有分歧，他否认了内省法，但不能否认内省法所提供的事实，便力图以客观方法来验证内省的结果，甚至借助于这种方法，把传统心理学从它们的世袭领地中驱逐出去，而由行为主义来占领，因此他在客观方法中，特别强调条件反射法。他明确指出，可以“用条件反射法代替语言报告法”。
而对于条件反射的研究，华生与巴甫洛夫的观点是根本不同的：
1.巴甫洛夫十分重视动物和人的行为同神经系统的关系，因此巴甫洛夫通过条件反射的研究，探索大脑皮层和皮下的活动。这也就是他所称的生理学的方法。而华生则仅仅注意肌肉和腺体的生理学而完全忽视大脑皮层的生理学。
2.巴甫洛夫认为人的高级神经活动和动物的高级神经活动虽有联系，但彼此之间存在着本质的差异，而华生则混淆了人与动物的界限，抹煞了人类思维的特点。
3.巴甫洛夫不否认意识，而华生则根本否认意识和主观时间的存在。