优点：高读长，准确率一次性达标率高，能很好处理重复序列和多聚序列，易小型化。
缺点：通量低，单个样本制备成本相对较高，难以做大量的平行测序，小规模进行。

1、基因定位和遗传病相关性分析；
2、疾病诊断和遗传咨询；
3、多基因病的研究；
4、器官移植配型和个体识别

A.菌种鉴定
B.确定病毒感染和病毒载量
C.病毒分析
D.细菌耐药监测和分子流行病学调查

主要应用于
（1）基因诊断；
（2）DNA序列测定；
（3）临床药物筛选；
（4）其他领域：法医学鉴定、食品工业、环境监测。