政策体系结构的合理性基本表现为纵向统一、横向协同和动态有序三个方面。
（一）纵向统一
政策体系在纵向结构上具有明显的层次性，即在政策体系中，各项政策根据其不同的性质，存在于不同的层级之中，其中低一层次的政策是高一层次政策的有机部分。
（二）横向协同
政策体系在横向结构上具有明显的相关性，即政策之间的相互依赖，相互制约。
所谓横向协同，是指处在同一层次中的不同政策之间在运动中相互补充、相互促进，共同为实现总政策目标服务。具体表现在目标协同、功能协同和措施协同三个方面。
（三）动态有序
政策体系运转的有序或无序以及有序度的高低，直接影响着政策的整体效应。只有当政策体系的运转是有序状态时，才能保证其良好的整体效应，而规范首庞大的政策体系实现有序运转的规则，则是政策体系结构的稳定性，即政策体系内各项政策总是趋向纵向一致和横向协同的关系。