温室黄瓜的病害主要有霜霉病、炭疽病、灰霉病、细菌性角斑病、白粉病、黑星病、疫病、病毒病、枯萎病、线虫病等；虫害主要有蚜虫、茶黄螨、白粉虱等。其防治方法可分为三种类型：土传病害的防治；叶、果、茎病害的防治；虫害的防治。
（1）土传病害的防治如枯萎病、线虫病等，可采取以下四种方法：与非瓜类作物轮作5年以上日光温室要尽量建在无病地块上。对于老棚，在有条件的情况下，可更换土壤。 采用嫁接法：用黑籽南瓜作砧木进行嫁接，防效在95％以上，且结瓜早，产量高。 高温防治：在三夏高温季节，进行闷棚灭菌，即在7月份晴天时，用薄膜盖棚3--5天，使棚温升高到55--60℃，杀灭病菌。药剂处理土壤：在耕翻地时，每亩撒施涕灭威4--5千克，或生石灰50--100千克，耕翻后立即浇水，可杀死土壤中的病菌，也能较好地杀死线虫。
（2）叶、果、茎病害的防治如霜霉病、灰霉病、角斑病、病毒病等，可采取以下三种方法：若是真菌性病害，晴天可用百菌清、速克灵、杀霉灵、甲基托布津等药剂喷雾防治；遇阴雨雪天气，可用百菌清，速克灵等烟剂熏蒸防治。应尽量减少喷雾次数，降低棚内湿度。 若是细菌性病害，可适时放风排湿、降温，同时要喷施农用链霉素等一些细菌性药剂，喷药时间以中午为好。 若是病毒性病害，如黄瓜病毒病，首先要在前期防治好病毒传播媒介蚜虫、灰飞虱等，同时，发现病毒病后，要及时喷施病毒A、菌毒清、杀毒矾等，以控制病害蔓延，并适当喷一些赤霉素，确保植株正常生长。