虽然小龙虾对环境的适应力及耐低氧能力很强，甚至可以直接利用空气中的氧气，但是长时间处于低氧和水质过肥或恶化的环境中会影响其蜕壳速度，从而影响到小龙虾的生长速度。因此，饲养池塘的水质状况是限制小龙虾生长、影响其产量的重要因素。小龙虾在水质不良的饲养环境中摄食率会下降，甚至停止摄食，因而影响其生长速度。不良的水质又可助长寄生虫、细菌等有害生物的大量繁殖，导致疾病的发生和蔓延。水质严重不良时，还能造成大量小龙虾死亡，致使小龙虾的养殖失败。在池塘中高密度养殖小龙虾时，透明度要控制在40cm左右，按照季节变化及水温、水质状况及时进行调节，适时加水、换水、施追肥，营造一个良好的水质环境。
（1）水位控制
小龙虾的养殖水位应根据水温的变化而定，掌握“春浅、夏满”的原则。春季一般保持在0.6～1m，浅水有利于水草的生长、螺蛳的繁育和幼虾的蜕壳生长。夏季水温较高时，水深控制在1～1.5m，有利于小龙虾度过高温季节。
（2）适时换水
平时应定期或不定期加注新水，原则是蜕壳高峰期不换水，雨后不换水，水质较差时多换水。一般每7天换水1次，高温季节每2～3天换水1次。每次换水量为池水总量的20%～30%，使水质保持“肥、活、嫩、爽”。有条件的，还可以定期地向水体中泼洒一定量的光合细菌、硝化细菌之类的生物制剂调节水体。
（3）调节水质
每15天应泼洒1次生石灰水，池塘水深为1m时，每亩水面用生石灰10kg，使池水pH保持在7.5～8.5之间。同时，可增加水体钙离子浓度，促进小龙虾的蜕壳生长。一旦发现水质败坏，且出现小龙虾上岸、攀爬，甚至死亡等
现象时，就必须尽快采取措施，改善养殖池塘的水环境。具体可以采用以下应急措施：
1）先换部分老水，用二氧化氯0.3mg/L对水体进行泼洒消毒，然后加注新水。
2）第二天再用沸石粉，化水后按照20mg/L泼洒，或者用“益水宝”（枯草芽孢杆菌）0.4mg/L泼洒。
3）以后每隔5天左右，定期向水体中泼洒“益水宝”等微生态制剂。利用有益菌种制剂，使有益菌种形成优势菌群来抑制致病微生物的种群数量、生长、繁殖和危害程度，并分解水中有害物，增加溶氧，改善水质。施用光合细菌、硝化细菌、蛭弧菌、芽孢杆菌、双歧杆菌和酵母菌等，均能起到上述作用。