对于初步选定的并购目标公司，还需作进一步的分析评估和实质性审查，审查的重点一般集中在以下方面：
（1）对目标公司出售动机的审查。目标公司如果主动出售，往往有其原因，审查其出售动机，将有助于评估目标公司价值和确定正确的谈判策略。一般来讲，目标公司出售动机主要包括：目标公司经营不善，股东欲出售股权；目标公司股东为实现新的投资机会，需要转换到新的行业；并非经营不善，而是目标公司大股东急需大量资金投入，故出售部分股权；股东不满意目标公司管理，故常以并购的方式来撤换整个管理集团；目标公司管理人员出于自身地位与前途的考虑，而原意被大企业并购，以便在该大企业中谋求一个高薪且稳定的职位；目标公司调整多样化经营战略，出售不符合本企业发展战略或获利不佳的子公司，同时并购一些获利较佳的企业等。
（2）对目标公司法律文件方面的审查。这不仅包括审查目标公司的产业是否符合国家对这些产业的相关规定，还包括审查目标公司的章程、合同契约等法律性文件。
①审查企业章程、股票证明书等法律性文件中的相关条款，以便及时发现是否有对并购方面的限制。
②审查目标公司主要财产目录清单，了解目标公司资产所有权、使用权以及有关资产的租赁情况等。
③审查所有对外书面合同和目标公司所面临的主要法律事项，以便及时发现可能存在的风险。
（3）对目标公司业务方面的审查。业务上的审查主要是检查目标公司是否能与本企业的业务融合。在审查过程中，并购目的不同，审查的重点可能不同。如果并购的目的是利用目标公司现有生产设备，则应注意目标企业生产设备是否保养良好，是否实用，直接利用目标公司的生产设备与企业自行购买哪个更合算。如果并购的目的是通过目标公司的营销资源来扩大市场份额，则应对其客户特性、购买动机等需求情况有所了解，等等。
（4）对目标公司财务方面的审查。财务审查是并购活动中一项极为重要的工作。并购方应防止目标公司提供虚假或错误的财务报表，尽量使用经注册会计师审计过的财务报表。在进行财务审查时，主要从以下三个方面进行：
①分析企业的偿债能力，审查企业财务风险的大小；
②分析企业的盈利能力，审查企业获利能力的高低；
③分析企业的营运能力，审查企业资产周转状况。
（5）对并购风险的审查。对并购风险的审查主要包括以下几个方面：
①市场风险。并购的目标公司如果是上市公司，消息一旦外传，立即会引起目标公司股价飞涨，增添并购的难度；并购对象如果是非上市公司，消息传出，也容易引起其他企业的兴趣，挑起竞标，使价格上抬，这种因股票市场或产权交易市场引起的价格变动的风险，即市场风险。市场风险很难预测，只能在实施中从社会心理学、大众传播媒介等不同角度出发予以小心控制。
②投资风险。并购作为一种直接的外延型投资方式，也同样是投入一笔资金，以期在未来得到若干收益。企业并购后取得收益的多少，受许多因素的影响，每种影响因素的变动都可能使投入资金遭受损失，预期收入减少，这就是投资风险。
③经营风险。主要是由于并购完成后，并购方不熟悉目标公司的产业经营手法，不能组织一个强有力的管理层去接管，从而导致经营失败。从风险角度讲，经营风险应该通过并购方的努力，减少到最低，甚至完全回避。