1、系统分析法
系统分析法主要是采用系统分析的理论和方法，把区划对象作为一个系统，分清水功能区划的层次，进行总体设计。
2、定性判断法
定性判断法主要是在对河流、湖泊和水库的水文特征、水质现状、水资源开发利用现状及规划成果进行分析和判断的基础上，进行河流、湖泊及水库水功能区的划分，提出符合系统分析要求且具有可操作性的水功能区划方案。
3、定量计算法
定量计算法主要采用水质数学模型，以定性划分的初步方案为基础，对水功能区进行水质模拟计算。根据模拟计算成果确定各功能区水质标准，划定各功能区和水环境控制区的范围。
4、综合决策法
对水功能区划方案进行综合决策，提出水功能区划技术报告和水功能区划图及水质指标。