消化道的微生物区系也称为正常菌群。在正常情况下，区系中的各种微生物在种类、数量及栖居部位等方面，在微生物之间以及它们与宿主动物之间，处于一个相互依从、相互制约的理想的动态平衡，这种平衡是宿主动物保持健康和发挥正常生产性能的必要条件，具体表现在在营养、免疫和拮抗三个方面。
（1）营养：消化道的正常菌群在消化道获取营养的同时，通过对日粮特别是蛋白质、碳水化合物、脂肪等的消化和代谢，合成有利于动物吸收和利用的养分，促进动物生长。另外，消化道中的正常菌群还有助于破坏饲料中某些有害物质并防止其吸收。
（2）免疫：正常菌群对其宿主机体免疫器官提高免疫功能方面有重要的作用。
（3）拮抗：消化道的正常菌群对非正常菌群的侵袭具有很强的屏障作用和拮抗作用。