过滤除菌有3种：深层过滤、膜过滤和核孔过滤。
深层过滤器是由纤维或颗粒状物质制成的过滤板层；膜过滤器是由醋酸纤维素、硝酸纤维素或其他合成物质制成的具有微孔的滤膜；核孔过滤器是由核辐射处理后再经化学蚀刻的薄聚碳酸胶片而制成。
深层过滤较为经济实惠，多用于工业发酵，后两种方法主要用于科学研究。