耶稣会士在学有专长的中国人士协助下，展开了空前规模的传播西学的工作，包括欧洲古典哲学、逻辑学、艺术、自然科学。而后者是最主要的部分，它包括以下几个方面：
（1）数学方面，利玛窦带来了德国数学大师、有“16世纪欧几里得”之称的克拉斯维注释或撰写的几种数学讲义，并与中国士人合作译出。其中影响最大的，“泰西利玛窦口译、吴淞徐光启笔受”的《几何原本》和“西海利玛窦授、浙西李之藻演”的《同文算指》。中国古代几何学中，店、线、面、直角、锐角、平行线、对角线、底边、立方体、体积、比例等专用名词，都是由《几何原本》首先确定下来，并沿用至今，甚至影响日本、朝鲜等国家。《同文算指》介绍了西方数学的算术知识，尤其是笔算法等。
（2）物理学方面，徐光启利用雄三拔《泰西水法》，结合中国的水利知识，完成了《农政全书》水利部分的写作。汤若望所著《远镜说》，标志着西方光学正式传入中国。
（3）地理学方面，利玛窦绘制、李之藻刻印的《坤舆万国全图》，介绍了世界五大洲说，展现了东西两半球的寒温热五带的划分。耶稣会士传播的地理知识，对于中国人突破原有的狭隘地理观，形成较为开阔的世界眼光具有重要意义。尤其是，欧洲的“地圆说”惊醒了长期沉迷于“天圆地方说”之中的中国士人。
（4）天文历算学方面，利玛窦所著《乾坤体义》叙述了亚里士多德—托勒密体系。至今沿用的阴历，就是这个历法。
（5）武器军火制造方面，崇祯年间，汤若望与焦勖合著《则克录》，详尽叙述炮台构筑、火炮铸造、火药成分、大炮使用及炮兵教练。