营养物质摄入不平衡草料短缺、单一、质地不良、饲养不当等均可造成营养物质缺乏。为提高畜禽生产性能，盲目采用高营养饲喂，常导致营养过剩，如干乳期饲以高能饲料，乳牛过于肥胖；日粮中动物性饲料过多，引发禽痛风；碘过多，致发甲状腺肿；高钙日粮，造成锌相对缺乏等。
营养物质吸收不良  可能是消化吸收障碍，如慢性胃肠疾病、肝脏疾病及胰腺疾病；也可能是饲料中存在干扰营养物质吸收的因素，如磷、植酸过多降低钙的吸收，钙过多干扰碘、锌等元素的吸收。 营养物质需要量增加  特殊时期如妊娠、泌乳、产蛋及生长发育旺期，对各种营养物质的需要量增加，患慢性疾病对营养物质的消耗增加，也可能导致营养物质的需要量增加。
参与代谢的酶缺乏  参与代谢的酶缺乏可能是获得性缺乏、也可能是先天性缺乏。 内分泌机能异常也是代谢性疾病的常见病因之一。