应在病程早期、急性期、症状典型时或用药之前采集标本。
根据不同目的采用不同的采集方法。
除痰、大便、肛拭子、咽拭子等标本外，其他标本采集时均应无菌操作并盛于无菌容器内，采集量不得过少。
最好是作床边接种。必须传送时，可根据不同情况作保温、冷藏、厌氧运送或将标本种入运送培养基内送检。
采集和运送标本时必须注意安全、防止污染及交叉感染。