1.含水量偏高：装入容器中液层过厚，超过10～15mm。干燥过程中热量供应不足，使蒸发量减少，真空度不够，冷凝器温度偏高等，均可造成含水量偏高。可采用旋转冷冻机及其它相应方法解决。
2.喷瓶：主要预冻温度过高，产品冻不好，升华时供热过快，局部过热，部分制品熔化为液体，在高真空条件下，少量液体在已干燥的固体界面下喷出而形成喷瓶。为防止喷瓶，必须控制预冻温度在低于共熔点以下10℃～20℃，同时加热升华，温度不超过共熔点。
3.产品外形不饱满或萎缩成团块：主要从配制处方和冻干工艺两方面考虑，可以加入适量填充剂如氯化钠，甘露醇等，或以反复冷冻升华法，改善结晶状态和通气性能来克服。