无性繁殖的天麻收获时先将表层盖土或覆盖物去掉，在接近天麻生长层时，要慢慢扒撤培养料，一旦发现天麻就应顺着天麻的着生处扒撤，能取出的就先取出。箭麻顶芽都向上生长，往往长出菌材上边，铲土时最容易铲掉顶芽，故应小心铲挖，然后再取出菌材收取天麻.，有时两根菌棒间天麻紧紧挤压在一起，撬棒时容易掰断天麻，故应特别小心。菌棒完全挖出后，应检查窝壁四周土壤中生长的天麻，尤其是靠上坡处最易长天麻，防止漏收。收获时应将窖内的米麻，白麻和箭麻全部取出。由于收获时天麻已停止生长，生活力低，对外界的抵抗能力较差，容易感染杂菌而腐烂，因此，收获时应防止碰伤天麻块茎。因为创伤会促使天麻素向苷元转化，易被氧化而失效，使其药效质量下降；不能用装过肥料，酸，碱等化学药品的用具来装天麻，尤其是不能装种用的天麻。待全部收完后，选出留种用的箭麻，白麻和米麻，其余全邵准备加工。