（1）根系环境内O₂缺乏，CO₂积累，呼吸作用受到抑制，影响根系吸水。
（2）长期缺O₂条件下根进行无O₂呼吸，产生并积累较多的乙醇，使根系中毒受伤。
（3）土壤处于还原状态，加之土壤微生物的活动，产生一些有毒物质，造成“黑根”或“烂根”。农业生产中的中耕耘田、排水晒田等措施就是为了增加土壤的透气性。