二级母钟系统一般应用包含一级母钟信号同步模块，用于满足与一级母钟系统保持同步及子钟驱动的需要。
二级母钟系统应能自主产生时间信息，驱动子钟运行，与一级母钟系统的关系应为“校对”，而不是绝对的服从。在无法接收一级母钟系统发送过来的GPS 时间信息时，仍能正常驱动子钟运作，为其他的系统提供标准时间信息。