企业在投资设立分支机构时，不同的组织形式各有利弊。子公司是以独立法人身份出现的，因而可以享受子公司所在地提供的包括减免税在内的税收优惠。但是，设立子公司的手续繁杂，需要具备一定的条件；子公司必须独立经营、自负盈亏、独立纳税；子公司在经营过程中还要接受当地政府部门的监督管理等。
分公司不具有独立的法人身份，因而不能享受当地的税收优惠。但是，设立分公司的手续简单，有关财务资料不必公开，不需要独立缴纳企业所得税，并且分公司这种组织形式便于总公司进行管理控制。
设立子公司与设立分公司的税收利益孰高孰低并不是绝对的，它受到一国税收制度、经营状况及企业内部利润分配政策等多种因素的影响。通常说来，在投资初期，分支机构发生亏损的可能性比较大，宜采用分公司的组织形式，因而其亏损可以与总公司的损益汇总纳税。公司经营成熟后，宜采用子公司的组织形式，以便充分享受公司所在地的各项税收优惠。