肝囊肿是肝脏的一种良性疾病，很少发生恶性变，因此对小的肝囊肿而又无任何症状者，可不需治疗，避免局部过分挤压及外伤。但对大的而又有压迫症状者，应给予下列处理：
（1）囊肿穿刺抽吸无水酒精注入术：对年老体弱、不能耐受手术的巨大囊肿，可暂时缓解症状。当无水酒精注入量控制在抽出液的12%-25%时，3/4以上的病例可避免囊肿复发.这种方法操作简便，危险性小，并发症少，是一种很有前途的方法。
（2）袋形缝合术及囊肿开窗术：目前趋向较多采用开窗术。开窗术简单、安全，可保留有功能的肝组织，且疗效良好。
（3）囊肿切除术及肝叶切除术：适用于囊肿合并感染、出血、癌变及病变局限于某叶、段时。
（4）囊肿胃肠吻合内引流术：潴留性囊肿囊液内含有胆汁时，采用这种方法较为合适，其缺点是有可能发生肠液返流、导致囊腔继发感染。