（1）细菌分类：细菌的传统分类按细菌的表型进行，分类单元为界、门、纲、目、科、属、种，种以下为亚种、变种、型和菌株。世界公认的权威细菌鉴定分类系统是《伯吉氏系统细菌学手册》。
（2）细菌命名：按国际细菌命名法规定，细菌的学名也采用“双名法”，即由署名加种名，第一个词为属名，用拉丁文或拉丁化的名词，斜体，第一个字母要大写；第二个词为种名，用拉丁文或拉丁化的形容词或名词所有格，斜体，小写；写微生物的学名时，第一个署名只写开头一个或几个字母。细菌学名的中文译名则相反，种名在前，属名在后。