（一）积极作用：
①村民自治有力地推进了社会主义民主政治建设。村民自治是中国社会主义民主政治的一项重要制度，村民自治是农村基层民主建设的重要内容，也是社会主义民主政治的重要组成部分。是人民当家作主的一个重要方面。通过村民自治的实践，中国农村才逐步走出了一条具有中国特色的基层民主政治建设之路。
②村民自治引导农民共同参与农村发展。村民自治推动农民参与公共事务、维持公共秩序的积极性，增强了人们对农村发展中重大事项的决策意识和参与行动。实践表明，通过村民自治，村民们遵守共同的公共准则，从事共同的社会事业，在因地制宜选择农村经济发展项目、维护社会治安、建设村级公共事业等方面取得了明显进步。
（二）存在的问题：
①“乡政”与“民治”的冲突。在实际工作中，各地区的民主建设和发展并不平衡。特别是一些乡镇政权对于自己职能的把握不到位，在乡村关系中仍然沿用人民公社时期遗留下来的行政支配关系，干预村民自治，特别是对于农民民主选举村干部的工作干预较多。例如，有些乡镇政府总喜欢安排能够接受乡镇政府管理的村干部，而乡镇政府又不能直接控制村委会，为此，乡镇政府就干预农民的选举活动，从而选出能够符合乡镇政府要求的村干部；或者通过由乡镇党委直接领导下的村党支部来间接控制村委会，乡镇政府和党委往往利用“服从党的领导”为理由，将村委会置于村党支部的领导之下。一些地方乡镇政府、党委在村委会候选人的提名、竞选和投票的各个选举环节直接或间接地影响、操纵村民选举，想方设法使自己看中的候选人当选。如果还不能达到目的，他们就以各种理由否定村民选举的结果，甚至取消村民直接选举，直接指定或委派村委会主任和村委会其他干部。这些行为直接造成了乡镇政府与村民自治组织、村民委员会与村党部、乡镇政府与农民之间的冲突。
②村委会角色错位和自治权过度膨胀的现象同时存在。一方面，有的村委会过分依赖于乡镇基层政府，嬗变为一个“准政府”组织，使村民自治虚化，村委会成为乡镇基层政府的附属物，把主要精力放在完成政府所分配的任务上，对于村里的公共事务和公益事业不管不问，或者说没有精力和时间过问。另一方面，有的村委会自治权过度膨胀，自治变成了独立，不协助乡镇基层政府的工作，不执行国家的政策，甚至不遵守国家的法律。
③民主建设与利益分配上的冲突。尽管民主建设的脚步越来越坚实，然而，不可回避的是我们必须关注：随着经济的发展，政府部门、政府工作人员、村干部、农民都带有独立利益主体的特征，他们有明确的利益取向，而这些利益取向可能与民主建设的要求是不一致的。另外，基层政权膨胀造成村民自治的空间受到行政扩张的压缩。乡镇政权膨胀表现为政府规模越来越大，人数越来越多，从而增加了政府开支和农村社会的治理成本。在农村地区，利益冲突的最直接的表现之一就是农民负担沉重。
④民主选举中出现了贿选现象。近年来，村民委员会选举中出现了类似贿选的行为。为了成为村干部，给村民们钱、物，或者请吃饭、喝酒等等。虽然，关于什么是贿选，怎样的行为才是贿选还没有明确的法律规定，但是这些不良的行为影响了正常的选举活动，直接危害了乡村民主政治的发展。
⑤村委会和村支部之间存在矛盾冲突。村党支部与村委会之间的关系是领导和被领导关系。但是在村民自治的过程中，出现了一些现象影响了二者之间正常、合理的关系。一方面，有的村党支部书记把党的领导简单理解为村支部的领导，甚至是支部书记的个人领导，把村委会作为村党支部的一个部门，对村委会的工作大加干预和包揽，从而使村民自治成了党员自治、党支部自治甚至支部书记个人自治。另一方面，有的村委会产生后，认为自己是村中大多数人选举出来的，有群众基础，腰杆子硬，因此，不把党支部放在眼里，重大事情不向党支部请示报告，有的民主选举出来的村委会主任也喜欢自己说了算，渐渐背离了村民自治，把村民自治搞成了村委会自治，甚至村主任自治。因此，村委会和村支部之间的矛盾越来越多，如何处理二者之间的关系成为村民自治建设中的一个重要问题。
⑥新、旧村民委员会班子交接问题。随着村民自治的发展，村民委员会的换届选举也进行了两三届。在这个过程中，出现了新、旧村民委员会班子之间交接上的问题。例如，有的新村民委员会班子产生以后，旧的村民委员会班子不交出村民委员会的办公室钥匙、公章、办公家具、财务账目等；有的新村民委员会班子产生后，旧班子依然在那里行使职权，出现了一村之内“两个村委会班子并存”的现象，等等。如何贯彻好村民委员会组织法，使村民委员会真正成为农民的自治组织，而不是一小部分人为自己谋利的手段，看来还有较多的问题待解决。