甲单位在项目变更流程中没有明确规定对变更申请的审批权限和流程，特别是在涉及“影响不大”和“影响较大”的变更时，审批流程过于简单，可能导致以下问题：
1.缺乏全面性：虽然影响不大的变更可以直接修改，但没有明确规定哪些变更属于“影响不大”，这可能导致不同的人对变更的影响程度有不同的理解，造成不一致的决策。
2.审批不透明：对于影响较大的变更，虽然需要总监审批，但没有说明总监在审批时应考虑的因素，这可能导致审批过程缺乏透明性和合理性。
3.风险管理不足：未对变更的潜在风险进行充分评估，可能导致项目实施过程中出现不必要的问题和风险。
因此，甲单位在变更管理流程的设计上应该更加严谨，明确审批权限和流程，确保所有变更都经过充分的评估和合理的审批。