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茅台酒生产用的大曲类型为低温大曲，在大曲中含有较多的枯草芽孢杆菌，为产生高沸点的香型物质细菌种类。
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在生产大曲中，由于霉菌生成孢子后形成各种颜色，因此常把曲坯中的各种颜色叫做“五色衣”，并有“五色衣不成，难收好曲”的说法。
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甲烷发酵属于厌氧发酵，其发酵过程中有机物的分解通常分为两阶段进行，第一阶段称为液化过程，第二阶段称为汽化过程。
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当发现发酵前期污染杂菌时，由于营养成分消耗不多，因此一般采取的措施是继续发酵，直至发酵结束。
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发酵前期主要是菌体生长繁殖，产物生成很少，此期容易染菌，污染后杂菌迅速繁殖，与生产菌争夺营养和氧分，严重干扰生产菌的生长繁殖和产物的生成，因此特别防止发酵前期染菌。
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种子培养期应严格控制种子污染，当发现种子受到杂菌污染，应灭菌后弃去，并对种子罐、管道进行检查和彻底灭菌。
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在疫苗深层发酵培养过程中，一旦受污染，无论是制备活菌还是死菌疫苗，都应全部废弃。
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一般采用定期轮换使用生产菌种进行生产是比较好的预防噬菌体污染方法之一，其主要原理是利用噬菌体具有对细菌的感染相对专一性的特点。
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在培养基成份中，一些生理性酸性盐被微生物利用后，导致碱性物质生成或释放，会使培养基中酸性物质被中和，从而引起发酵液的pH值上升。
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以天然或人工合成的多孔材料代替麸皮之类的固态基质作为微生物生长的载体，营养成分可以严格控制，发酵结束后只须将菌体和培养液挤压出来进行抽提，载体又可以重新使用的一种新型培养微生物方法，称为两步培养法。
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生物细胞载体培养法中，用作载体的取材必须经得起蒸汽加热杀菌，具有多孔结构使有足够的表面积，又能允许空气流通。
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