1.支气管内膜结核有明显结核中毒症状、病程较长。胸CT显示病变范围较广，可有多个支气管受累。支气管狭窄与扩张相间，支气管内径狭窄和阻塞，而外径不增大，局部无包块。病变可呈结节性及空洞形成。痰抗酸菌呈阳性，纤维支气管镜病理显示结核改变，毛刷涂片抗酸菌阳性。
2.肺门淋巴结核多见儿童和青少年，多数病人有发热等中毒症状，结核菌素试验阳性，抗结核治疗有效。有个别病抗结核治疗3个月体温未能得到控制，应积极想法取得组织病理学、细菌学诊断。
3.气管、支气管良性肿瘤如支气管腺瘤（支气管类癌、腺样囊性癌和黏液表皮样癌）、支气管平滑肌瘤、软骨瘤、脂肪瘤、错构瘤、透明细胞瘤、化学感受器瘤、支气管乳头状瘤等。最后诊断有赖于纤维支气管镜病理活检。
4.纵隔肿瘤及囊肿有时应与纵隔型肺癌鉴别。确定性质时首先应从肿物的部位来推测，如上纵隔肿物常见于胸腺肿瘤、主动脉瘤、胸骨后甲状腺。前纵隔为皮样囊肿。中纵隔为心包囊肿、支气管囊肿、恶性淋巴瘤。后纵隔为神经原性肿瘤、脂肪瘤、膈疝及食道病变。胸CT扫描是非常重要方法，其可了解病灶与纵隔邻近器官的关系、肿瘤密度、钙化等。增强CT显示主动脉瘤与主动脉一致增强。淋巴瘤病灶对称，呈双侧性肺门纵隔淋巴结肿大，明显发热全身症状，病情发展快。