1、乳酸菌：会利用青贮饲料中的多种氨基酸作为其生长和繁殖的氮源，其菌体蛋白又可为家畜提供氮源。
2、肠杆菌：破坏青贮饲料的营养成分，从而降低饲料的适口性和营养价值。
3、丁酸菌：广泛分布在土壤中，所以在青贮过程中应减少土壤污染，以控制丁酸菌在青贮原料中的数量。
4、腐生菌：在青贮原料中腐生菌数量最大，但它们不耐酸，因此在pH迅速下降的足够酸化的青贮饲料中不会产生腐败作用。
5、酵母菌：只能在青贮过程的最初几天内繁殖，随着氧气的耗尽和乳酸的积累等而很快停止活动。
6、霉菌：当青贮装填不紧或密封不严而有较多空气时，青贮原料中的霉菌为需氧喜酸性环境的微生物，多来自饲料原料，在青贮窖内严格的厌氧环境下不易生长繁殖。
7、其他微生物：在青贮原料中还可存在放线菌、担子菌等，但受厌氧和酸性环境的限制，通常不能增殖。