与病毒性心肌炎一样，冠心病的缺血性变化也主要累及心肌，但冠心病多见有ST-T改变。鉴别时应考虑冠心病易患因素，如年龄在50岁以上，以及高血压、高血脂、糖尿病、肥胖和抽烟等。但也须注意两病有时也可同时存在，因心肌缺血在适当情况下促使心肌炎发病。如天内很快患者为心肌梗死，短期内出现心律失常且演变迅速，如一度房室传导阻滞在1~2天内很快演变为二~三度房室传导阻滞，则要多考虑为心肌炎。冠状动脉造影可资鉴别，但一般不常用。如病毒性心肌炎心电图出现类似急性心肌梗死的Q波图形时，须与冠心病急性心肌梗死或冠状动脉畸形部位痉挛出现急性心肌梗死的Q波相鉴别。急性病毒性心肌炎Q波的出现，系透壁心肌坏死所致，多见于以往健康的患者，发病前有明显发热及病毒感染，幸存者一般恢复均较快，冠状动脉造影绝大多数均无病损，心肌核素显像心肌病损明显，如有双份血清病毒抗体升高≥4倍，外周血或心肌中检测到病毒NDA或RNA则对诊断帮助更大。如果患者高龄，有高脂血症、高血压、糖尿病、肥胖和吸烟等易患因素及以往冠心病史，冠状动脉造影显示冠状动脉病变则有利于冠心病心肌梗死诊断。由于冠状动脉畸形引起类似急性心肌梗死的Q波者，可见于年轻患者，冠状动脉造影有助诊断。
也有人认为如证实有冠心病，具有不典型心绞痛，年龄小于50岁，运动后持续心动过速或心包积液而无左心室肥大，可疑及同时有心肌炎存在。当然，如外周血或心肌中检测到病毒DNA或RNA则更有助于诊断。