人为改变微生物的代谢调控机制，使有用的中间代谢产物过量积累的发酵称代谢控制发酵。（用人工诱变的方法，有意识地改变微生物的代谢途径，最大限度地积累产物，这种发酵形象地称为代谢控制发酵，最早在氨基酸发酵中得到成功应用。）
研究内容：代谢控制发酵的研究任务为掌握微生物的生长、繁殖、发育、分化、代谢等生命活动的规律，即生物合成各种代谢产物的途径和代谢调节机制，以及和周围环境之间关系对代谢方向的影响以及改变微生物代谢方向的措施。为提高发酵过程的生产、效率和创立新的发酵过程奠定理论基础。

1.菌种的同化能力
2.代谢的阻遏和诱导
3.合适的C、N比
4.pH的要求

经微生物生理作用（代谢）后能形成酸性物质的营养物叫生理酸性物质
若菌体代谢后能产生碱性物质的营养物称为生理碱性物质