内部控制健全有效，卖方对账单齐备，一般可不必函证。如果应付账款内部控制有缺陷，又无卖方对账单可供审核，则应对应付账款金额较大、欠账时间较长，核对时发现账证不符、余额为零、往来频繁、变动很大的账户以及其他有代表性的账户，例如与被审计单位正常业务无关的异常项目等，有必要进行函证，以证实应付账款的实有数额。
函证时，审计师应预先向企业采购部门取得本期供应商一览表，以便确定函证对象。由于多数企业对应付账款进行舞弊的目的是低估应付账款，手段以漏计赊购业务及其负债为主，因此，函证应当采用积极式，并要求被函证方对是否存在函证款项以外的欠款做出说明。
同时，必须对应付账款的函证过程进行控制，要求债权人直接回函给审计师，并根据回函情况编制与分析函证结果汇总表，对未回函的，应考虑是否再次函证。
审计师在收到债权人函证回函时，应将其反映在审计工作底稿上，并与企业应付账款数额核对，如果不相等应查明原因。有的差异是由于未达账款、在途货物、账务处理不及时等原因造成的，有的差异可能是由于其他原因造成的，在这种情况下，审计师应采用替代审计程序，审查相关的采购原始凭证与合同，并做进一步核实。函证应付账款时，被审计单位无法提供债权人确切的单位和地址，则可能存在舞弊问题，诸如为逃税或截留利润而将收入转到应付账款账户等，要进一步予以查明。