其特点是：
①具有远距离效应：常在上游-200bp处，但可增强远处启动子的转录，即使相距十几Kb也能发挥其作用；
②无方向性：在DNA双链中没有5’端与3’端固定的方向性，无论在靶基因的上游，下游或内部都可发挥增强转录的作用 ；
③顺式调节：只调节位于同一染色体上的靶基因，而对其它染色体上的基因无作用；
④无物种和基因的特异性，对同源或异源基因同样有效，可以接到异源基因上发挥作用，如将SV40的增强子接到兔β-珠蛋白基因前，引入Hela细胞，此珠蛋白基因转录增强200倍。
⑤具有组织的特异性：SV40的增强子在3T3细胞中比多瘤病毒的增强子要弱，但在Hela细胞中SV40的增强子比多瘤病毒的要强倍，抗体基因的增强子只有在B淋巴细胞中才起作用。增强子的效应需特定的蛋白质因子参与。
⑥有相位性：增强子的活性与其在DNA双螺旋结构中的空间方向性有关（其作用和DNA的构象有关）。
⑦ 有的增强子可以对外部信号产生反应：如热体克基因在高温下才表达。编码重金属蛋白的金属硫蛋白基因在镉和锌存在下才表达。某些增强子可以被固醇类激活。 
⑧增强子含有许多可与不同转录因子结合的基序，可以不同 的组合方式调控基因的表达，在已研究过的绝大多数基因的 表达调控模式中都发现组成增强子的不同基序或模块。
组织和细胞专一性增强子：只在特殊的组织细胞、特定的转录因子参与下，才能发挥其功能。 
诱导性增强子：这种增强子的活性通常要有特定的启动子参与。 
例如：金属硫蛋白基因可以在多种组织细胞中转录，又可受类固醇激素、锌、镉和生长因子等的诱导而提高转录水平