反式作用因子是指能直接或间接地识别或结合在各类顺式作用元件核心序列上参与调控靶基因转录效率的蛋白质。反式作用因子有两个重要的功能结构域：DNA结合结构域和转录活化结构域，它们是其发挥转录调控功能的必需结构，此外还包含有连接区。反式作用因子可被诱导合成， 其活性也受多种因素的调节。
主要包括：
1.DNA结合域：
A.螺旋-转角-螺旋
B.锌指结构
C.亮氨酸拉链
D.螺旋-突环-螺旋
2.转录激活域：与其他转录因子相互作用的结构成分。 与转录水平调节的反式作用因子通常可分为四大类：
①RNA聚合酶；
②和RNA聚合酶相联系的普遍性转录因子，它们结合在靶基因的启动子上，形成前起始复合物，启动基因的转录；
③特异性转录因子（ 如激活因子和抑制因子） ，一类与靶基因启动子和增强子（或沉默子）特异结合的转录因子，具有细胞及基因特异性，可以增强或抑制靶基因的转录；
④种类多样的协调因子，要么改变局部染色质的构像（如组蛋白酰基转移酶和甲基转移酶），对基因转录的起始具有推动作用，要么直接在转录因子和前起始复合物之间发挥桥梁作用（如中介因子），推动前起始复合物（PIC）形成和发挥作用。
包括：
1.螺旋转角螺旋：有3个螺旋，螺旋3是识别和DNA结合，一般结合于大沟；螺旋1和2和其它蛋白质结合；
2.锌指结构：它由一小组保守的氨基酸和锌离子结合，在蛋白质中形成了相对独立的功能域；
3.亮氨酸拉链；
4.螺旋一环一螺旋（HLH）；
5.同源异形结构域：几乎存在于所有真核生物中。