①形态标记
优点：形态标记简单直观、经济方便；
缺点：
（1）数量在多数植物中是很有限的；
（2）而且多态性较差，表现易受环境影响，
（3）有一些标记与不良性状连锁。
（4）形态标记的获得需要通过诱变、分离、纯合的过程，周期较长。因此形态标记在作物遗传育种中的作用是有限的。
②染色体标记：
优点：是能进行一些重要基因的染色体定位或染色体区域定位。
缺点：
（1）细胞学标记材料需要花费较大的人力和较长时间来培育，难度很大；
（2）同时某些物种对染色体变异反应敏感；
（3）有些变异难以用细胞学方法进行检测。因此到目前为止，真正应用于生物遗传育种研究中的细胞学标记还很少。
③生化标记：
优点：
（1）一是表现近中性，对植物经济性状一般没有大的不良影响；
（2）二是直接反映了基因产物差异，受环境影响较小。
缺点：但目前可使用的生化标记数量还相当有限，且有些酶的染色方法和电泳技术有一定难度，因此其实际应用受到一定限制。
④分子标记：分子标记具有的优越性有
（1）大多数分子标记为共显性，对隐性的农艺性状的选择十分便利；
（2）基因组变异极其丰富，分子标记的数量几乎是无限的；在生物发育的不同阶段，不同组织的 DNA 都可用于标记分析；
（3）分子标记揭示来自 DNA 的变异；
（4）表现为中性，不影响目标性状的表达，与不良性状无连锁；
（5）检测手段简单、迅速。
随着分子生物学技术的发展，现在 DNA 分子标记技术已有数十种，广泛应用于作物遗传育种、基因组作图、基因定位、植物亲缘关系鉴别、基因库构建、基因克隆等方面。

（1）系谱分析法
（2）体细胞杂交（同线、缺失、剂量效应等）
（3）原位杂交
（4）分子遗传标记作图