1）限制性作图：它是将限制性酶切位点标定在DNA分子的相对位置。
2）基于克隆的基因组作图：根据克隆的DNA片段之间的重叠顺序构建重叠群，绘制物理连锁图。
3）荧光标记原位杂交：将荧光标记的探针与染色体杂交确定分子标记的所在位置。
4）顺序标签位点：作图通过PCR或分子杂交将小段DNA顺序定位在基因组的DNA区段中。