第一阶段：水解酸化阶段，微生物为水解和发酵细菌，包括纤维素分解菌、碳水化合物分解菌、蛋白质分解菌，为专性、兼性厌养菌，分解产物为简单小分子的单糖、氨基酸、脂肪酸、甘油及CO₂、H₂等。
第二阶段：产氢产乙酸阶段，微生物为产氢产乙酸菌（为专性、兼性厌养菌），分解产物为乙酸、丙酸、甲酸、乙醇、丙醇和CO₂、H₂等。
第三阶段：产甲烷阶段，微生物为二组生理作用不同的产甲烷菌，为绝对厌养菌，包括甲烷杆菌、球菌、八叠球菌等。其中一组把氢和CO₂转化为甲烷和水；另一组使乙酸脱羧产生甲烷和CO₂。
形成途径：由酸和醇的甲基生成；由醇的氧化使二氧化碳还原形成；脂肪酸有时用水做还原剂或供氢体产生；利用氢使二氧化碳还原；在氧和睡存在时，巴氏甲烷八叠球菌与甲酸甲烷杆菌能将一氧化碳还原成甲烷。