（1）.扫描时信号采集较慢，需时较长。一些生理性活动，如心血管、脑脊液的搏动、呼吸运动和胃肠道的蠕动等，均会影响成像的清晰度。
（2）.重危病人、不能很好合作和配合的病人，一般不能接受此项检查。
（3）.由于磁体扫描膛较小，少数病人会有幽闭感，而不能很好地配合只得中止检查。另外过于肥胖的病人不易进入扫描膛，即使进入也可能因肢体碰触线圈而造成图像不良。
（4）.带有心脏起搏器或体内带有磁铁性医疗装置的病人均受到限制，不能接受检查。
（5）.自旋回波成像时钙无信号，因而在诊断以病理钙化为特征的病变时会受到影响。
（6）.MRI是一种高科技成像仪器，需要一定的技术力量和器材来维持运转，因此费用较高。