《农业转基因生物安全管理条例》及配套规章规定，我国对农业转基因生物实行分级分阶段安全评价制度，农业转基因生物安全委员会负责农业转基因生物安全评价工作。安全评价按照实验研究、中间试验、环境释放、生产性试验和申请安全证书等五个阶段进行。
以“华恢1号”和“Bt汕优63”转基因水稻为例，两种水稻于1999～2000年开展了中间试验，2001～2002年开展了环境释放，2003～2004年开展了生产性试验。2004～2005年对“华恢1号”和“Bt汕优63”的目标性状进行了检测验证，2007～2008年对其分子特征、环境安全和食用安全的部分指标进行了检测验证。经过11年的严格评价审核，于2009年依法批准发放了转基因抗虫水稻“华恢1号”及杂交种“Bt汕优63”的生产应用安全证书。
转植酸酶基因玉米“BVLA430101”评价程序同上述水稻评价程序一致，经过6年的严格评价过程，于2009年依法批准发放了转植酸酶基因玉米“BVLA430101”的生产应用安全证书。