科学研究表明，种植转基因抗虫水稻和种植抗虫棉一样，对生态环境是有利的。
一是从生存竞争能力看，转基因水稻与非转基因对照水稻相比，在有性生殖特性和生殖率、花粉传播方式和传播能力、有性可交配种类和异交结实率、花粉离体生存与传播能力、落粒性和落粒率、休眠性和越冬能力、生态适应性和生物量等性状和评价指标上，均未发现明显的差异，在杂草性和入侵性方面也未发现变化。
二是从基因漂移对生态环境的影响看，根据国内外文献和对转基因水稻的试验观察，转基因水稻基因漂移的可能性及其基本规律与非转基因水稻常规品种是一致的，没有发现Bt蛋白基因漂移对农田生态和自然环境安全有不良影响。
三是从对非靶标生物和生物多样性影响看，根据室内和田间试验分析结果，没有发现转基因水稻对非靶标害虫、稻田天敌、益虫、经济昆虫有影响，也没有发现对主要昆虫种群结构和功能以及节肢动物的多样性产生不良影响。
四是从对野生稻资源保护看，我国已于1996年发布实施了《野生植物保护条例》，建立了专门的保护体系，通过原生境保护和异地保护等方式对包括野生稻在内的野生资源进行保护。中国是水稻起源中心和基因多样性中心之一，属内种间以及种内亚种和品种间的基因漂移是一个普遍的现象。转基因品种和非转基因品种的基因漂移，对种质资源保护与利用的影响和环境安全性是一样的。