在第一阶段，锥虫在皮下组织、血液和淋巴中繁殖。这被称为血液淋巴期，会造成阵发性发热、头痛、关节疼痛和骚痒。在第二阶段，寄生虫穿过血脑屏障感染中枢神经系统。这被称为神经期。一般来说，这时候会出现更明显的疾病体征和症状：行为改变、意识模糊、感觉障碍和动作协调性差。该病名称提示的睡眠周期障碍是疾病第二阶段的一个重要特征。如不进行治疗，一般认为昏睡病是致命的。

非洲人类锥虫病也称为昏睡病，是一种媒介传播的寄生虫病。涉及的寄生虫是一种原生动物，归类为锥虫属。