有物种内在的原因和种间生态关系方面的原因。
内在原因主要是由于物种遗传系统的多态性减少，如小种群内长期近交使其基因库的变异量降低，从而不能适应变化的环境，导致物种的绝灭。另外，还由于物种自身结构或习性的高度特化，限制了其进一步的发展，结果也变得容易绝灭。
物种间生态关系的变化也会造成物种的绝灭。

一：突变本身是一种影响基因频率的一种因素
二：为自然选择提供了原始条件，是进化材料的主要来源